Les îles recèlent des secrets. Même l'Isolino San Giovanni, qui fait face à Pallanza, un quartier de Verbania, en a gardé un: la dernière histoire d'amour du peintre futuriste italien Umberto Boccioni.

La petite île était le cadre idyllique de la rencontre passionnée entre le futuriste italien et la princesse Vittoria Colonna, peu de temps avant l'accident tragique de Boccioni à cheval à l'âge de 33 ans. Le secret a été préservé pendant des décennies et n'a été révélé que au début des années 2000, lorsque "Una parentesi luminosa" (Un Bonheur Inattendu) a été publié.

Quelques années après cette liaison passionnée, un autre grand artiste a séjourné sur l'Isolino. Depuis 1927, le chef d'orchestre Arturo Toscanini avait choisi la petite île comme lieu de villégiature estivale en raison de son panorama enchantant en face du palais du XVIIIe siècle, et était séduit par le jardin luxuriant de style anglais.

La première attestation existante de l'Isolino, qui se trouve à quelques mètres de la rive, remonte à environ l'an 1000, lorsqu'il a été identifié comme l'Isola di Sant'Angelo, en référence à une chapelle dédiée à San Michele Arcangelo (Saint Michel Archange) à l'intérieur de son château.

Le nom actuel est dû à la présence d'une fontaine baptismale dédiée à Saint Jean-Baptiste.

Depuis 1632, cette île appartient à la famille Borromée. Elle est privée et fermée au public.