Las islas guardan secretos. Incluso el Isolino San Giovanni, que enfrenta a Pallanza, un distrito de Verbania, guardó uno: la última historia de amor del pintor futurista italiano Umberto Boccioni.

La pequeña isla fue el escenario idílico del apasionado encuentro entre el futurista italiano y la princesa Vittoria Colonna, poco antes del trágico accidente de Boccioni a caballo a la edad de 33 años. El secreto se mantuvo durante décadas y solo se reveló a principios de la década de 2000, cuando se publicó "Una parentesi luminosa" (La luz en medio).

Algunos años después de esta apasionada aventura, otro gran artista pasó tiempo en el Isolino. Desde 1927, el director de orquesta Arturo Toscanini eligió la pequeña isla como su refugio de verano porque quedó encantado por el panorama desde el palacio del siglo XVIII y seducido por el exuberante jardín de estilo inglés.

El registro más antiguo existente del Isolino, que se encuentra a pocos metros de la costa, data de alrededor del año 1000, cuando se identificó como la Isola di Sant'Angelo, en referencia a una capilla dedicada a San Michele Arcangelo (San Miguel Arcángel) dentro de su castillo.

El nombre actual se debe a la presencia de una pila bautismal dedicada a San Giovanni Battista (San Juan Bautista).

Desde 1632, esta isla ha sido propiedad de la familia Borromeo. Es privada y no está abierta al público.